Az I. világháborút lezáró békeszerződések következtében az Osztrák-Magyar Monarchia részekre bomlott, és időszerűvé vált, hogy a magyar ciszterciek saját viszonyaiknak megfelelően önálló kongregációt alkossanak. 1920-ban Zirci központtal alakították ki a magyarországi rendtartományt, a Ciszterci Rend Zirci Kongregációját, amelyet 1923. január 27-én XI. Pius pápa hagyott jóvá.

A Zirci Apátságon kívül a Kongregációjához tartozott még a Szentgotthárdi Apátság, amelynek címét a zirci apát viseli, továbbá az egri, székesfehérvári, pécsi, bajai, budai és előszállási rendház és a budapesti tanulmányi ház (Bernardinum). Határainkon kívül az Amerikai Egyesült Államokban 1947-től 1977-ig a nagyrészt magyar ciszterciektől benépesített Spring Bank perjelség (Wisconsin államban, 1963-tól apátságként), valamint 1955-től a magyar ciszterciek által alapított perjelség Dallasban, amely 1963-tól már szintén apátságként működik (Our Lady of Dallas Cistercian Abbey). Végül 1996-tól a Kismaroson élő ciszterci nővérek apátsága, a Boldogasszony Háza is a Zirci Kongregáció tagja lett.

Minden kongregációnak megvan a maga alkotmánya, konstitúciója. A Zirci Kongregáció konstitúcióját hosszú előmunkálatok után először 1941-ben hagyta jóvá a Szentszék.

Magyarországon az államhatalom 1950. szeptember 7-én megtiltotta csaknem az összes szerzetesrend működését, köztük a ciszterciekét is. 1989-ben, amikor a szerzetesrendek újraszerveződhettek, a Zirci Kongregációnak új alkotmányra, új konstitúcióra volt szüksége a megváltozott körülmények miatt, mert akkor már két férfi (Zirc, Dallas), 1996-tól Kismarossal harmadikként egy női apátság csatlakozott a Kongregációhoz. A Szentszék 1991-ben és 2000-ben jóváhagyta a Zirci Kongregáció új konstitúcióját. A Kongregáció elnöke, prézes apátja a mindenkori zirci apát. Közgyűlésének, káptalanjának tagjai a kormányzó apátok és az apátságok választott küldöttei.

A kongregáció prézes apátjai voltak: Békefi Remig (zirci apát 1911-1924, prézes apát 1923-24), Werner Adolf (1924-1939), Endrédy Vendel (1939-1981), Kerekes Károly (1987-1996), Zakar Polikárp (1996-2010), Dékány Sixtus (2011-2017). A jelenlegi prézes apát, Bérczi Bernát 2018-tól tölti be hivatalát. A Kongregáció alapításának centenáriumát hálaadó szentmisékkel ünnepelték a ciszterci közösség tagjai Zircen, Kismaroson és Dallasban is. A szentmiséken a Gondviselő Isten megerősítő kegyelmét kérték szerzetesi feladataik, küldetésük folytatásához, hogy Szent Bernát öröksége lángolni és világítani tudjon az egész világon.